Die Mathematisch-Naturwissenschaftliche Fakultät wurde am 28.07.1951 gegründet. Sie ist aus der Philosophischen Fakultät hervorgegangen, die Fächer selbst existierten jedoch schon lange vorher. 

Zur Zeit sind rund 70 Professor*innen in den Instituten für Biochemie, dem Fach Biologie (Institut für Botanik und Landschaftsökologie, Institut für Mikrobiologie, Interfakultäres Institut für Genetik und Funktionelle Genomforschung, und Zoologisches Institut und Museum), dem Institut für Geographie und Geologie, dem Institut für Mathematik und Informatik, dem Institut für Pharmazie und dem Institut für Physik tätig. Seit 2011 gehört auch das Institut für Psychologie zur Fakultät.